Vers 1560, une grande partie des habitants de La Rochelle adhère déjà à l’Église réformée. Bien que les chefs du parti huguenot essaient de la rallier à leur cause en 1562-1563, la cité ne participe cependant pas à la première guerre de Religion, son corps de ville préférant demeurer dans une stricte neutralité. Il en est autrement à partir de la deuxième guerre de Religion, période durant laquelle elle s’engage militairement dans la lutte armée contre les « papistes ». Les huguenots en prennent durablement le contrôle en février 1568, à la suite d’un véritable coup d’État municipal, et la transforment en quelques mois en une très active base corsaire. C’est à ce moment-là que le pouvoir protestant décide d’y promouvoir la guerre de course, tant pour des raisons politiques, militaires et financières.

Les corsaires huguenots sont alors présentés comme autant de bras armés du Tout-Puissant : il s’agit de défendre Dieu et la Cause protestante, de « faire la guerre, courir sus et endommager les ennemis et adversaires de la religion réformée et cause générale, sur tous vaisseaux [de guerre et de commerce] et sur toutes nations indifféremment ». Cette course reçoit une mission à la fois offensive – harceler l’ennemi – et défensive – protéger les intérêts de la cause protestante. Elle doit semer la terreur dans les rangs ennemis, ruiner leur trafic commercial, empêcher leurs approvisionnements en armes et en vivres et couper, autant que faire se peut, leurs communications maritimes. Elle doit également protéger le port rochelais de toute attaque maritime et préserver le camp huguenot de l’asphyxie en maintenant d’étroites relations avec ses alliés d’Europe du Nord, Anglais et « gueux de mer ». Elle doit surveiller les pertuis, contrôler la navigation et faciliter la commercialisation du sel et de vin de la région, sources de rentrées fiscales importantes pour les caisses de la « Cause ». Par le butin réalisé sur les mers, elle doit enfin – et peut-être même surtout – soutenir financièrement l’effort de guerre huguenot et contribuer au ravitaillement (armes, vivres) de la cité rochelaise.